Biorąc poduwagę międzynarodowy charakter drogi wodnej i jej oddziaływania na środowisko, wysoce wskazane byłoby również odniesienie się w Studium do wpływu inwestycji na ostoje ptaków o znaczeniu międzynarodowym. Ostoje IBA (Important Bird Areas)  to miejsca o najwyższym priorytecie dla efektywnej ochrony ptaków. Wyznaczane są na podstawie zestawu ścisłych kryteriów stworzonych przez BirdLife International – ogólnoświatową federację organizacji zajmujących się ochroną ptaków.  Kryteria te oparte są na naukowych podstawach
i stosowane w ten sam, zestandaryzowany sposób we wszystkich krajach świata.
Program ostoi ptaków został zainicjowany w latach 70-tych ubiegłego wieku i w skali globalnej koordynowany jest przez BirdLife International.  W studium nie ma odniesienia do ostoi IBA.

Na terenie państw Unii Europejskiej przyjętą praktyką jest obejmowanie ostoi ptaków IBA ochroną jako obszary specjalnej ochrony ptaków w ramach Natura 2000[1].

Na terenie Polski droga wodna E40 przebiega w całości przez siedem następujących ostoi  ptaków IBA. Poniżej podano kod i nazwę IBA (w
nawiasie) oraz nazwę adekwatnego obszaru specjalnej ochrony ptaków Natura 2000)[2]:

PL 027 Ujście Wisły  (PLB220004)

PL 028 Dolina Dolnej Wisły (PLB04003)

PL 083 Dolina Środkowej Wisły  (PLB140004)

 PL 057 Dolina Dolnego Bugu  (PLB140001)

PL 104  Dolina Środkowego Bugu (PLB060003)

PL 098 Dolina Tyśmienicy (PLB060004)

Jest faktem, że większość analiz oddziaływania inwestycji na obszary specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 będzie równoważnych oddziaływaniom na IBA, z których się wywodzą. Nie dotyczy to jednak wszystkich ostoi – na części IBA nie zostały wyznaczone obszary specjalnej ochrony ptaków. Przykładem jest Dolina Dolnego Wieprza gdzie wyznaczono jedynie specjalny obszar ochrony siedlisk Natura 2000.
Ponadto granice IBA i Natura 2000 nie pokrywają się w stu procentach. Przykładowo w trakcie tworzenia sieci Natura 2000 w Polsce cenne obszary łąkowe ze starorzeczami w ujściu Narwi znajdują się w IBA PL 083 Dolina Środkowej Wisły  a nie zostały włączone do PLB140004. Fragment drogi E40 prowadzący przez Wisłę, Narwią do Zalewu Zegrzyńskiego i dalej z trasą północną (wariantem I) kanału łączącego koryta Wisły i Bugu będzie przebiegał i oddziaływał na IBA PL 083 także na tym odcinku.